第三章 法人税法の特例
編集第十三節 連結法人の鉱業所得の課税の特例
編集（探鉱準備金又は海外探鉱準備金）
第六十八条の六十一
第六十八条の六十一
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、鉱業を営むものが、平成十四年四月一日から平成三十四年三月三十一日までの期間（第一号において「指定期間」という。）内の日を含む各連結事業年度において、第五十八条第一項に規定する鉱物（以下この条において「鉱物」という。）に係る新鉱床探鉱費の支出に備えるため、次に掲げる金額のうちいずれか低い金額以下の金額を損金経理の方法により探鉱準備金として積み立てたとき（当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度に係る決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法により探鉱準備金として積み立てたときを含む。）は、その積み立てた金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
一 当該連結親法人又はその連結子法人が採掘した鉱物の販売による当該連結事業年度の指定期間内における収入金額として政令で定める金額の百分の十二に相当する金額
二 前号に規定する収入金額に係る採掘所得の金額として政令で定める金額の百分の五十に相当する金額
２ 国内鉱業者（連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、国内において主として鉱業を営むものとして政令で定めるものをいう。以下この項において同じ。）及び連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、国内鉱業者に準ずるものとして政令で定めるもの（以下この条において「国内鉱業者等」という。）が、平成十四年四月一日から平成三十四年三月三十一日までの期間（以下この項及び第十三項において「指定期間」という。）内の日を含む各連結事業年度において、国外にある鉱物に係る新鉱床探鉱費の支出に備えるため、海外自主開発法人（その開発に必要な資金の相当部分が当該国内鉱業者等及びこれと共同して投資をする内国法人によつて直接又は間接に負担された鉱山を有し、かつ、その営む事業が本邦における資源の安定的な供給に著しく寄与するものとして政令で定める外国法人をいう。）から取得した当該鉱山に係る鉱物（当該鉱物の引取りに関する契約に基づき、当該海外自主開発法人以外の法人を経由して取得したものを含む。）の販売による当該連結事業年度の指定期間内における収入金額に係る採掘所得の金額として政令で定める金額の百分の四十に相当する金額以下の金額を損金経理の方法により海外探鉱準備金として積み立てたとき（当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度に係る決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法により海外探鉱準備金として積み立てたときを含む。）は、その積み立てた金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
３ 前二項に規定する新鉱床探鉱費とは、探鉱のための地質調査、ボーリング又は坑道の掘削に要する費用その他の探鉱のために要する費用で政令で定めるもの及び国外にある鉱物の探鉱のための当該費用に充てられることが確実である出資で政令で定めるもの（次条第四項において「海外探鉱法人出資」という。）をいう。
４ 第一項又は第二項に規定する連結親法人又はその連結子法人（第五十八条第一項又は第二項の規定の適用を受けたものを含む。）の各連結事業年度終了の日において、前連結事業年度（当該連結親法人又はその連結子法人の当該各連結事業年度開始の日の前日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、その前日を含む事業年度。以下この項において「前連結事業年度等」という。）から繰り越された探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額（当該各連結事業年度終了の日において同条第一項の探鉱準備金又は同条第二項の海外探鉱準備金を積み立てている当該連結親法人又はその連結子法人の前連結事業年度等から繰り越された同条第一項の探鉱準備金の金額又は同条第二項の海外探鉱準備金の金額（以下この項において「単体探鉱準備金等の金額」という。）がある場合には当該単体探鉱準備金等の金額を含むものとし、当該各連結事業年度終了の日までに次項の規定により益金の額に算入された、若しくは算入されるべきこととなつた金額（同条第五項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）又は前連結事業年度等の終了の日までにこの項の規定により益金の額に算入された金額（同条第四項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合にはこれらの金額を控除した金額とする。以下この項及び次項において同じ。）のうちにその積み立てられた連結事業年度（単体探鉱準備金等の金額にあつては、その積み立てられた事業年度。次項において「積立事業年度」という。）終了の日の翌日から五年を経過したものがある場合には、その五年を経過した探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額は、その五年を経過した日を含む連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
５ 第一項の探鉱準備金又は第二項の海外探鉱準備金（連結事業年度に該当しない事業年度において積み立てた第五十八条第一項の探鉱準備金又は同条第二項の海外探鉱準備金を含む。）を積み立てている連結親法人又はその連結子法人が次の各号に掲げる場合（当該連結親法人若しくはその連結子法人を被合併法人とする適格合併が行われた場合又は適格分割若しくは適格現物出資により鉱業事務所（鉱業法第六十八条に規定する鉱業事務所をいう。以下この条において同じ。）を移転した場合（第三項に規定する新鉱床探鉱費を支出している試掘権を併せて移転した場合に限る。）を除く。）に該当することとなつた場合には、当該各号に定める金額に相当する金額は、その該当することとなつた日を含む連結事業年度（第二号に掲げる場合にあつては、同号に規定する合併の日の前日を含む連結事業年度）の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。この場合において、第四号に掲げる場合に該当するときは、同号に規定する探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額をその積み立てられた積立事業年度別に区分した各金額のうち、その積み立てられた積立事業年度が最も古いものから順次益金の額に算入されるものとする。
一 鉱業を廃止した場合（次号に該当する場合を除く。）又は国内鉱業者等に該当しないこととなつた場合 その廃止し、又は該当しないこととなつた日における探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額
二 当該連結親法人又はその連結子法人を被合併法人とする合併（連結子法人が被合併法人となる合併にあつては、その合併の日が法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度開始の日（第十項において「連結親法人事業年度開始の日」という。）である場合の当該合併に限る。）が行われた場合 その合併直前における探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額
三 解散した場合（合併により解散した場合を除き、連結子法人の破産手続開始の決定による解散にあつてはその破産手続開始の決定の日が連結事業年度終了の日である場合に限る。） その解散の日におけるその解散した連結親法人又は当該連結子法人の有する探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額
四 前項及び前三号の場合以外の場合において探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額を取り崩した場合 その取り崩した日における探鉱準備金の金額又は海外探鉱準備金の金額のうちその取り崩した金額に相当する金額
６ 第一項又は第二項の規定は、これらの規定に規定する連結親法人又はその連結子法人のうち、次に掲げる連結法人については、適用しない。
一 連結親法人の解散の日を含む連結事業年度における当該連結親法人
二 連結子法人の解散の日を含む連結事業年度におけるその解散した連結子法人
三 清算中の連結子法人
７ 第六十八条の四十四第五項の規定は、第一項又は第二項の規定を適用する場合について準用する。
８ 連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で鉱業を営むものが、第一項に規定する指定期間内の日を含む各連結事業年度において、適格分割又は適格現物出資により分割承継法人又は被現物出資法人に鉱業事務所を移転する場合（第三項に規定する新鉱床探鉱費を支出している試掘権を併せて移転する場合に限る。）において、鉱物に係る第三項に規定する新鉱床探鉱費の支出に備えるため、当該適格分割又は適格現物出資の直前の時を連結事業年度終了の時とした場合に第一項各号の規定により計算される金額のうちいずれか低い金額に相当する金額以下の金額を探鉱準備金として積み立てたときは、その積み立てた金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、損金の額に算入する。ただし、当該連結子法人のうち清算中のものについては、この限りでない。
９ 前項の規定は、同項の連結親法人が適格分割又は適格現物出資の日以後二月以内に同項の探鉱準備金の金額その他の財務省令で定める事項を記載した書類を当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
１０ 第六十八条の四十三第十項及び第十一項前段の規定は、第一項の探鉱準備金又は第二項の海外探鉱準備金（連結事業年度に該当しない事業年度において積み立てた第五十八条第一項の探鉱準備金又は同条第二項の海外探鉱準備金を含む。）を積み立てている連結親法人又はその連結子法人が被合併法人となる適格合併（連結子法人が被合併法人となる合併にあつては、その合併の日がその連結親法人事業年度開始の日である場合の当該適格合併に限る。）が行われた場合について準用する。この場合において、第六十八条の四十三第十一項前段中「第五十五条第十一項」とあるのは「第五十八条第十一項において準用する第五十五条第十一項」と、「第三項」とあるのは「第六十八条の六十一第四項」と、「同条第十一項」とあるのは「第五十八条第十一項において準用する第五十五条第十一項」と読み替えるものとする。
１１ 第六十八条の四十三第十二項、第十三項前段及び第十四項前段の規定は、第一項又は第八項の探鉱準備金（連結事業年度に該当しない事業年度において積み立てた第五十八条第一項の探鉱準備金を含む。）を積み立てている連結親法人又はその連結子法人が適格分割により分割承継法人に鉱業事務所を移転した場合（第三項に規定する新鉱床探鉱費を支出している試掘権を併せて移転した場合に限る。）について準用する。この場合において、第六十八条の四十三第十三項前段中「第三項」とあるのは「第六十八条の六十一第四項」と、同条第十四項前段中「第五十五条第十四項」とあるのは「第五十八条第十二項において準用する第五十五条第十四項」と、「第三項」とあるのは「第六十八条の六十一第四項」と、「同条第十四項」とあるのは「第五十八条第十二項において準用する第五十五条第十四項」と読み替えるものとする。
１２ 第六十八条の四十三第十五項、第十六項前段及び第十七項前段の規定は、第一項又は第八項の探鉱準備金（連結事業年度に該当しない事業年度において積み立てた第五十八条第一項の探鉱準備金を含む。）を積み立てている連結親法人又はその連結子法人が適格現物出資により被現物出資法人に鉱業事務所を移転した場合（第三項に規定する新鉱床探鉱費を支出している試掘権を併せて移転した場合に限る。）について準用する。この場合において、第六十八条の四十三第十六項前段中「第三項」とあるのは「第六十八条の六十一第四項」と、同条第十七項前段中「第五十五条第十八項」とあるのは「第五十八条第十三項において準用する第五十五条第十八項」と、「第三項」とあるのは「第六十八条の六十一第四項」と、「同条第十八項」とあるのは「第五十八条第十三項において準用する第五十五条第十八項」と読み替えるものとする。
１３ 国内鉱業者等に該当する連結親法人又はその連結子法人が指定期間内に取得する第二項に規定する海外自主開発法人の第六十八条の四十三第二項第六号の特定株式等については、同条第一項及び第八項の規定は、適用しない。
１４ 第八項の規定の適用を受けた場合の第一項第一号に規定する収入金額の計算その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（新鉱床探鉱費又は海外新鉱床探鉱費の特別控除）
第六十八条の六十二
第六十八条の六十二
前条第一項の探鉱準備金（連結事業年度に該当しない事業年度において積み立てた第五十八条第一項の探鉱準備金を含む。）の金額を有する連結親法人又はその連結子法人が、各連結事業年度において、前条第一項に規定する新鉱床探鉱費の支出を行つた場合又は第五十九条第一項に規定する探鉱用機械設備（第一号及び次項において「探鉱用機械設備」という。）について償却をした場合には、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、これらの支出又は償却に係る損金の額に算入される金額のほか、次に掲げる金額のうち最も少ない金額に相当する金額は、損金の額に算入する。
一 当該連結事業年度において支出する当該新鉱床探鉱費の額に相当する金額（当該連結事業年度において探鉱の実施のために交付される国の補助金がある場合には、当該補助金に相当する金額を控除した金額）と当該連結事業年度の当該探鉱用機械設備の償却額（当該探鉱用機械設備に係るこの法律及び法人税法第八十一条の三第一項の規定により同項に規定する個別損金額を計算する場合における同法第三十一条の規定により計算される償却限度額を超える場合には、当該償却限度額に相当する金額）との合計額
二 前連結事業年度等（前条第四項に規定する前連結事業年度等をいう。以下この号及び次項第二号において同じ。）から繰り越された同条第一項の探鉱準備金の金額（第五十八条第一項の探鉱準備金を積み立てている当該連結親法人又はその連結子法人の前連結事業年度等から繰り越された同項の探鉱準備金の金額を含むものとし、前連結事業年度等の終了の日までに前条第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額（第五十八条第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合には当該金額を控除した金額とする。）のうち、当該連結事業年度において前条第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された、又は算入されるべきこととなつた金額に相当する金額
三 当該連結事業年度の連結所得の金額のうち、当該連結親法人又はその連結子法人に帰せられるものとして政令で定めるところにより計算した金額
２ 前条第二項の海外探鉱準備金（連結事業年度に該当しない事業年度において積み立てた第五十八条第二項の海外探鉱準備金を含む。）の金額を有する連結親法人又はその連結子法人が、各連結事業年度において、前条第二項に規定する新鉱床探鉱費（第一号において「海外新鉱床探鉱費」という。）の支出を行つた場合又は専ら国外において事業の用に供される探鉱用機械設備（第一号において「海外探鉱用機械設備」という。）について償却をした場合には、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上、これらの支出又は償却に係る損金の額に算入される金額のほか、次に掲げる金額のうち最も少ない金額に相当する金額は、損金の額に算入する。
一 前項第一号に掲げる合計額のうち、当該連結事業年度において支出する当該海外新鉱床探鉱費の額に相当する金額と当該連結事業年度の当該海外探鉱用機械設備の償却額との合計額（同項第二号に掲げる金額が同項第一号に掲げる金額から当該合計額を控除した金額を超える場合には、その超える部分の金額に相当する金額を控除した金額）
二 前連結事業年度等から繰り越された前条第二項の海外探鉱準備金の金額（第五十八条第二項の海外探鉱準備金を積み立てている当該連結親法人又はその連結子法人の前連結事業年度等から繰り越された同項の海外探鉱準備金の金額を含むものとし、前連結事業年度等の終了の日までに前条第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額（第五十八条第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された金額を含む。）がある場合には当該金額を控除した金額とする。）のうち、当該連結事業年度において前条第四項又は第五項の規定により益金の額に算入された、又は算入されるべきこととなつた金額に相当する金額
三 前項第三号に掲げる金額から同項の規定により損金の額に算入された金額を控除した金額
３ 前二項の規定は、これらの規定の適用を受けようとする連結事業年度の連結確定申告書等にこれらの規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該連結確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、これらの規定により損金の額に算入される金額は当該申告に係るその損金の額に算入されるべき金額に限るものとする。
４ 第一項又は第二項の規定の適用を受けた連結親法人又はその連結子法人がその適用を受けた連結事業年度において支出を行つた第一項に規定する新鉱床探鉱費又は第二項に規定する海外新鉱床探鉱費の額のうちに海外探鉱法人出資の額が含まれている場合には、当該海外探鉱法人出資については、第六十八条の四十三第一項及び第八項の規定は、適用しない。
５ 第一項又は第二項の規定の適用を受けた連結親法人又はその連結子法人のこれらの規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第八十一条の十三第二項及び第四項の規定の適用については、これらの規定に規定する連結所得等の金額に含まれるものとする。
６ 前三項に定めるもののほか、第一項又は第二項の規定により損金の額に算入される金額がある場合における連結利益積立金額の計算及び法人税法第八十一条の十八第一項に規定する個別所得金額又は個別欠損金額の計算その他第一項又は第二項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
第十三節の二 対外船舶運航事業を営む連結法人の日本船舶による収入金額の課税の特例
編集第六十八条の六十二の二
連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、海上運送法及び船員法の一部を改正する法律（平成二十年法律第五十三号）の施行の日から平成三十二年三月三十一日までの間に海上運送法第三十五条第一項に規定する日本船舶・船員確保計画（以下この項において「日本船舶・船員確保計画」という。）について同条第三項第五号（同条第五項において準用する場合を含む。）に掲げる基準に適合するものとして同条第三項又は第四項の認定（同項の認定にあつては、当該認定により当該基準に適合することとなつたものに限る。第五項において「計画の認定」という。）を受けた同法第三十四条第二項第三号に規定する船舶運航事業者等（日本船舶（同法第三十八条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）を用いて対外船舶運航事業（同法第三十五条第三項第五号に規定する対外船舶運航事業をいう。）を営むものに限る。）に該当するものが、同法第三十五条第三項の認定を受けた日本船舶・船員確保計画（同条第四項の規定による変更の認定があつたときは、その変更後のもの。以下この条において「認定計画」という。）に記載された計画期間（同法第三十五条第二項第三号に掲げる計画期間をいう。第三項及び第五項において同じ。）内の日を含む各連結事業年度終了の時において当該認定計画に従つて同法第三十四条第一項に規定する日本船舶及び船員の確保を実施している場合において、当該連結事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を超えるときは、当該超える部分の金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入し、当該連結事業年度における第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額に満たないときは、当該満たない部分の金額は、当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入する。
一 当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度における日本船舶（特定準日本船舶（海上運送法第三十九条の五第七項に規定する準日本船舶のうち安定的な海上輸送の確保に資するものとして財務省令で定めるものをいう。）を含む。次号において同じ。）を用いた対外船舶運航事業等（同法第三十八条に規定する対外船舶運航事業等をいう。）による収入金額に係る連結所得の金額として政令で定める金額
二 当該連結親法人又はその連結子法人の当該連結事業年度における日本船舶の純トン数（船舶のトン数の測度に関する法律第六条に規定する純トン数をいう。）に応じた利益の金額として政令で定める金額
２ 前項の規定は、同項に規定する連結親法人が、その適用を受けようとする最初の連結事業年度開始の日の前日までに、財務省令で定める事項を記載した届出書（次項において「届出書」という。）に前項に規定する日本船舶・船員確保計画の写しその他財務省令で定める書類（次項において「書類等」という。）を添付して、これを当該連結親法人の納税地の所轄税務署長に提出した場合に限り、適用する。
３ 前項の規定は、同項に規定する連結親法人又はその連結子法人が、第一項の規定の適用に係る認定計画の計画期間開始の日から同項の規定の適用を受けようとする連結事業年度開始の日の前日までの期間内の日を含む事業年度において第五十九条の二第一項の規定の適用を受けている場合には、その適用を受けている連結親法人又はその連結子法人に係る届出書及び書類等の提出については、適用しない。
４ 第一項の規定の適用を受ける連結親法人は、その適用を受ける各連結事業年度の連結確定申告書等に同項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額の計算に関する明細書を添付しなければならない。
５ 認定計画に記載された計画期間内の日を含む各連結事業年度（当該認定計画に記載された計画期間内の日を含む事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該計画期間内の日を含む各事業年度。以下この項において「適用対象年度」という。）において第一項の規定の適用を受けた連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人（当該適用に係る計画の認定を受けた連結親法人又は連結子法人に限り、当該適用対象年度において第五十九条の二第一項の規定の適用を受けたものを含む。）が、海上運送法第三十九条の二第二項の規定によりその認定を取り消された場合には、当該適用対象年度において第一項の規定により損金の額に算入された金額（当該適用対象年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該認定計画につき第五十九条の二第一項の規定により損金の額に算入された金額）の合計額は、当該認定を取り消された日を含む連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
６ 第一項の規定の適用を受けた連結親法人又はその連結子法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第八十一条の十三第二項及び第四項の規定の適用については、これらの規定に規定する連結所得等の金額に含まれるものとし、第一項又は前項の規定により益金の額に算入された金額は、同条第二項及び第四項の規定の適用については、これらの規定に規定する連結所得等の金額に含まれないものとする。
７ 第一項の規定の適用を受ける連結親法人又はその連結子法人が有する外航船舶（本邦と外国との間又は外国と外国との間を往来する船舶をいう。以下この項において同じ。）のうち日本船舶（船舶法第一条に規定する日本船舶をいう。以下この項において同じ。）に該当するもの及び当該連結親法人又はその連結子法人の子会社（海上運送法第三十九条の五第一項に規定する子会社をいう。）に該当する法人が有する外航船舶のうち日本船舶に該当しないものについては、当該連結親法人又はその連結子法人の第一項の規定の適用を受ける連結事業年度（当該子会社に該当する法人にあつては、当該連結事業年度内の日を含む事業年度）においては、第四十三条、第六十八条の十六、第六十八条の五十八（第一項及び第九項に係る部分に限る。）、第六十八条の七十八（第一項及び第九項に係る部分に限る。）及び第六十八条の七十九（第一項、第三項、第八項及び第九項に係る部分に限る。）の規定その他政令で定める規定は、適用しない。
８ 第二項から第四項まで及び前二項に定めるもののほか、第一項又は第五項の規定により損金の額又は益金の額に算入される金額がある場合における連結利益積立金額の計算その他これらの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
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